少年三国志系列的核心背景故事根植于一个古典仙侠与历史传奇交织的世界。游戏的主线故事始于东汉末年，灵帝在位时宦官专权，仙师左慈悄然降临皇宫，向灵帝预言了天下大势，合久必分、分久必合的道理。灵帝深感汉室危殆，遂将幼子秘密托付给左慈为徒，并将传国玉玺交予幼子，寄望于其未来能匡扶汉室，再现荣光。这位幼年皇子便在仙境中跟随左慈习文演武，却因心系人间乱世疾苦而时常下山，由此卷入了三国时代的纷争漩涡。玩家的角色正是这位身怀绝技、肩负着特殊使命的少年，其旅程从出手拯救年少的刘关张三兄弟开始，从而以少年英雄们的视角，重走那段波澜壮阔的三国历程。
这个世界观设定摒弃了传统三国题材中常见的英雄迟暮与沉重权谋，转而聚焦于人物生命中最辉煌灿烂的少年时期。游戏展现每位三国人物重返16岁少年面孔时的热血情怀，让玩家置身于一个充满少年意气与酷炫幻想的三国乱世。在此背景下，幽州太守刘焉为抗黄巾军而出榜招兵，引出了刘备、关羽、张飞三人志同道合、结拜投军的经典开场。势力渐长的董卓却显露出野心，试图招揽刘关张未果后派兵围攻，正是在这场危机中，自仙境下山的灵帝幼子施展仙法击散大军，解救了刘关张，并与他们一同踏上了讨伐黄巾、平定乱世的道路。这段起源故事将历史情节与仙侠元素相结合，为后续的冒险奠定了基础。
系列发展，续作少年三国志2引入了更具现代感的穿越设定，进一步丰富了背景故事。在这一设定中，玩家扮演一名在时空局实习的少年，因三国时代突发时空混乱而进入三国世界，并与同伴失散。初到之时，便遭遇刘关张大战吕布的场面，处于劣势的吕布竟借助三国志的力量魔化，主角不得已介入帮助击败吕布。战斗导致三国志爆炸，残卷飞散，而幕后推动这一切的神秘男子也逐渐现身。玩家扮演的少年为了回归现代世界，也为了解开神秘人背后的真相与阴谋，不得不在这片熟悉又陌生的三国土地上闯荡，三国历史的命运也因此与这位来自未来的少年紧密相连。
一条线索是汉室皇子师从左慈、持玺救世的正统仙侠传奇；另一条线索则是现代少年穿越时空、介入历史并揭开阴谋的科幻冒险。两条主线共同构建了一个允许所有英雄重返少年时代的宏大舞台，玩家无论是作为天命所归的皇子还是来自未来的访客，目标都是招募关羽、张飞、刘备、曹操、周瑜等以少年形态登场的名将，经历荡气回肠的乱世战役，最终迈向一统三国的征途。
